Kepala Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LP2M) diangkat oleh dan bertanggungjawab kepada Rektor Universitas Mulawarman. Dalam kegiatan operasionalnya, Kepala LP2M dibantu oleh Sekretaris, Kepala Sub Bagian Keuangan dan Umum, serta para staf. Sampai saat ini di Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Mulawarman memiliki 11 (Sebelas) Pusat Penelitian.